Dari 1968 hingga 1971, sebagai pelajar, Anwar ialah Presiden Persatuan Kebangsaan Pelajar Islam Malaysia. Pada masa yang sama, beliau juga merupakan Presiden Persatuan Bahasa Melayu Universiti Malaya (PBMUM). Pada 1971, beliau ialah seorang ahli jawatankuasa tem yang pro-Angkatan Belia Islam Malaysia (ABIM) yang diasaskan bersama. Pada masa yang sama, beliau telah dipilih sebagai Presiden Majlis Belia Malaysia (MBM) kedua. Pada tahun 1974, Anwar telah ditangkap semasa protes pelajar terhadap kemiskinan luar bandar dan kelaparan. Ini didatangkan sebagai laporan timbul menyatakan bahawa keluarga berkenaan yang mati akibat kebuluran di sebuah kampung di Baling, Kedah, yang kemudiannya dibuktikan sebagai palsu. Walau bagaimanapun, penoreh getah di Baling telah mengalami kesusahan yang teruk kerana harga getah jatuh pada tahun 1974. Beliau telah dipenjarakan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri, yang membenarkan penahanan tanpa bicara, dan menghabiskan 20 bulan di Kem Tahanan Kamunting. Dari tahun 1975 hingga 1982 beliau merupakan wakil bagi Perhimpunan Dunia Belia Islam Asia Pasifik di bawah Sheikh Hassan Abdullah.

Semenjak dari zaman belia, Datuk Seri Anwar merupakan seorang individu yang popular. Beliau dikenali sebagai salah seorang daripada pengasas badan bukan kerajaan iaitu Persatuan Kebangsaan Pelajar Islam Malaysia, Angkatan Belia Islam Malaysia. Beliau pernah ditahan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri, ISA selama 3 tahun (1974-1976) kerana demonstrasi jalanan di Universiti Malaya berhubung kemiskinan tragis di Baling, Kedah. Penduduk pedalaman Baling dibiarkan 'reput' kerana dipercayai tempat persembunyian komunis. Anwar pernah berada di pentas PAS dan mengkritik Tunku Abdul Rahman berhubung Akta Keselamatan Dalam Negeri, Akta Pertubuhan, kemiskinan, ekonomi dan lain-lain. Berikut ialah catatan ringkas Dato' Seri Anwar semasa zaman belia:-

• 1968 menjadi Presiden Persatuan Bahasa Melayu Universiti Malaya dan Presiden Kesatuan Kebangsaan Penuntut Muslim Malaysia.
• 1969 Anwar berganding dengan Dr Mahathir Mohamad berdiri di pentas PAS menghentam Tunku Abdul Rahman dan menyebarkan surat layang.
• 1971 menubuhkan Angkatan Belia Islam Malaysia, ABIM dengan rakan-rakan daripada MCKK dahulu.
• Menjadi Presiden Majlis Belia Malaysia (MBM)
• 1973 Penasihat Majlis Belia Bangsa-Bangsa Bersatu.
• 1979 Menerima Pingat Utama Iqbal 100 Tahun oleh Presiden Zia Ul Haq, Presiden Pakistan.
• Menerima gelaran Datuk daripada Sultan Ahmad Shah Al-Musta’in Billah ibni Almarhum Sultan Abu Bakar di Istana Pekan, Pahang dan dari Sultan Selangor kemudiannya.